EL MARÍN DEL SIGLO XXI
El paso del Marín Club de Fútbol por la División Preferente Autonómica, en la temporada de su L Aniversario, la de 1998-1999, fue efímero. El equipo quedó clasificado en el 17º puesto de la clasificación del Grupo Sur y cayó de nuevo a Primera División Autonómica.
Mientas que el Juvenil cae en la segunda ronda de su intento por retornar a la Liga Gallega.
La temporada de cambio de siglo, la de 1999-2000, volvió a ser exitosa para el Marín Club de Fútbol. El equipo de la mano de Diego Folgar realiza un torneo extraordinario, pulverizando todos los récords de victorias, puntos y goles cosechados en un solo campeonato (registros aún vigentes hoy en día) y se proclama Campeón de Liga a falta de tres jornadas para la conclusión de la competición. Certificando su retorno a la División Preferente Autonómica.

Ellos son: Humberto, Bastero, Bóveda, Geno, Juan Abad (Segundo Entrenador), Sebastián Núñez Ferrer (Presidente), Diego Folgar (Entrenador), Toñito, Fredy, Cándido Abalde (Delegado) y Manolo Devesa (Vicepresidente 1º); Jorge Prieto, Leo Lancelotti, Manuel, Joven, Castiñeiras, Alvarito, Nando Conde, Calado, Josiño Barros, Narciso y Nacho Aranguren (Fisioterapeuta).
Foto oficial de la primera plantilla del Marín Club de Fútbol de cara a la temporada 1999-2000 con motivo del Amistoso frente al Coruxo F.C. disputado el 22 de Agosto en el Estadio Municipal de San Pedro.
En la temporada 2000-2001 el equipo de la mano de Diego Folgar realiza una brillante campaña en el Grupo Sur de la División Preferente Autonómica sólo empaña por la derrota en la última jornada, que lo priva de jugar la Promoción de Ascenso a Tercera División Nacional para los segundos clasificados, que finalmente daría el ascenso incluso a su perdedor.
Juega la promoción de terceros y cae a doble parido ante el Imperator S.F.U.C. de A Coruña. 2-2 en San Pedro y 3-1 en la Ciudad Herculina.

Equipo que presentó el Marín Club de Fútbol en su partido frente el Céltiga F.C., el 22 de abril en el Estadio Municipal de San Pedro, primero en el que Magín Yáñez González ejercía como presidente de la entidad.
Ellos son: Magín Yáñez González (Presidente), Humberto; Nando Conde, Bastero, David Mella, Miguel Sorbet y Róber Ruiz; Sanromán, Calado, Joven, Alves y Alvarito.
En la temporada 2001-2002 el equipo realiza un decoroso papel en el Campeonato de Liga, quedando clasificado, en el 8º puesto. Pero presidente Magín Yáñez lo considera un fracaso y decide prescindir prácticamente a toda la planilla por lo que abandonan el club, el técnico Diego Folgar y jugadores históricos como Diego Moldes o Joven, mientras que Humberto, el segundo jugador que más veces defendió la camiseta del Marín Club de Fútbol en toda su historia decide ‘colgar los guantes’.

Humberto de la Torre fue el segundo jugador que más veces defendió la camiseta del Marín Club de Fútbol en partidos de competición oficial, 313 partidos, durante 14 temporadas, además de haberse formado en la cantera franjiazul pasando por el Infantil, Juvenil y filial Marín Atlético.
Fue Campeón de Liga en Primera División Autonómica en tres ocasiones, 1981-1982, 1997-1998 y 1999-2000, logrando un ascenso a Tercera División Nacional y tres a División Preferente Autonómica.
La temporada siguiente, 2002-2003, resultó un auténtico fracaso y remató de la forma más cruel. El Marín Club de Fútbol llega a la última jornada con grandes opciones de salvarse del descenso. Ganando o empatando en Santa Marta de Velle. En el minuto 65 gana 0-2, encaja el empate 2-2 en el minuto 90 y en el descuento recibe otros dos goles que lo envían de forma inmisericorde a la Primera División Autonómica.
Sin embargo el equipo Juvenil se proclama Campeón de Liga y asciende a Primera División Autonómica.
De regreso a la Primera División Autonómica, temporada 2003-2004, el equipo realiza un discreto papel quedando clasificado en el 9º puesto.
En la temporada 2004-2005 el equipo mantiene una enconada lucha con el C.D. Estradense y el Rápido de Bouzas B por el retorno a la División Preferente Autonómica, pero falla con estrépito en las tres últimas jornadas en las que empata en casa con Chapela C.F. y C.D. Ribadumia y pierde en su visita a San Miguel de Oya, y se queda con la miel del ascenso en los labios.
La temporada 2005-2006 resulta un fracaso, no solo para el primer equipo que acaba la liga en el 10º puesto, si no también para la cantera con el descenso del equipo Juvenil. Lo que provoca la dimisión de Magín Yáñez como presidente.
En la temporada 2006-2007 se hace cargo del club una Junta Gestora y llega al banquillo Miguel Freijeiro, el equipo queda 9º.
En la temporada 2007-2008 se inician los actos para celebrar el LX Aniversario, se homenajea a Nené, Cuti, Mayán y Manolo Devesa, y se adopta como primera uniformidad, para esta temporada, la que uso el equipo en su primera temporada de vida. Se cambia el césped de terreno de juego del Estadio Municipal de San Pedro, de natural a sintético, por lo que el Marín Club de Fútbol ha de jugar la mayoría de sus partidos de ‘prestado’ en el Campo ‘A Seca’ de Poio y en el Campo ‘Chan de Barcia’ de Pontecaldelas.
Aún así el equipo realiza una gran campaña y logra el ascenso en la antepenúltima jornada, llegado a la última, en la que se inaugura el nuevo terreno de juego del Estadio Municipal de San Pedro como Campeón de Liga.

Foto Oficial del título de Campeón de Liga del Grupo IV de la Primera División Autonómica de la temporada 2007–2008.
Ellos son: Cándido Abalde (Directivo), Julián Omil (Delegado), Ángel Otero (Secretario), Juan Antonio Martínez Besada (Presidente), Domingo Moledo (Vicepresidente 1º), Manolo Devesa (Vicepresidente 2º), Rosa Gesteira (Tesorera) y Mercedes Devesa (Directiva); Cristian Gil, Diego Picallo, Borja Benavent, Rubén Comedero, Miguel Beis, Jorge Cuesta (Preparador Físico), Miguel Freijeiro (Entrenador), Cacho, Hugo Criado, Ramón Bermúdez, Futre y Valente; Borja Solano, Esteban, Jaime Pérez, Abraham Solla, Joaquín, Manu Vidal, Moisés Sartal, Dani González, Borja Janeiro, Ricardo Álvarez y Miguel Freijeiro.
De regreso a la División Preferente Autonómica el equipo realiza un discreto papel, en la temporada 2008-2009, salvándose del descenso, por arrastre, en la última jornada. Acaba 13º y el presidente Juan Manuel Martínez Besada decide poner fin al ciclo de Miguel Freijeiro en el banquillo franjiazul.
En la temporada 2009-2010 se hace una decidida apuesta por intentar el salto a la Tercera División Nacional con Santi Mariño en el banquillo y una plantilla con alto caché en la división. Pero resulta un auténtico fracaso y tiene que llegar Alberto Valladares ‘Pereira’ para tras muchos esfuerzos salvarlo en la última jornada. Acaba 15º.
El dispendio económico de la temporada anterior comienza a pasar factura y el club comienza a acumular deudas. Por encima se crea un filial para dar cabida como entrenador al hijo del nuevo presidente José Luis Blanco Blanco. Filial que no cumple su fusión de trampolín de juveniles de la casa hacía el primer equipo si no que se fichan a muchos jugadores ‘ya de vuelta en el fútbol’.
El primer equipo fracasa en la liga del Grupo Sur de la División Preferente Autonómica de la temporada 2010-2011. Acaba 11º. Sin embargo en la Copa Provincial llega a semifinales cayendo por penaltis ante el Alondras C.F.
El filial Marín Club de Fútbol B y el Juvenil, ambos de la mano del hijo de presidente, Fran Blanco, ascienden.
En la temporada 2011-2012 el equipo realiza un decoroso papel de la mano de Toño Lodeiro quedando clasificado en el 10º puesto. Y en la Copa Provincial vuelve a llegar a semifinales, cayendo ante el Unión S.D. Grove.
El equipo Cadete se proclama Campeón de Liga y asciende.
En la temporada 2012-2013, con ya bastantes apreturas económicas por las deudas que arrastra el club, la primera plantilla pasa por bastantes apuros clasificatorios, y a partir del mes de febrero el presidente le prohíbe a Toño Lodeiro contar con jugadores del filial porque prioriza la salvación de este equipo dirigido por su hijo que a la del primer equipo, teniendo Toño Lodeiro que completar sus convocatorias e incluso onces titulares con juveniles y cadetes. Finalmente el equipo acaba penúltimo y descendiendo a Primera División Autonómica.