Hasta la retirada de «Nene»
De regreso a la Serie A Regional, temporada 1955-56, el Marín Club de Fútbol se encuentra una división estructurada en tres fases y en dos grupos Norte y Sur.
En la primera fase, denominada ‘de Clasificación’ acaba en la 4ª posición y en la segunda fase. Denomina Liga Regular acaba en 1ª posición proclamándose Campeón de Liga de la Serie A Regional Grupo Sur, con derecho a participar en la Fase Final y de Ascenso a Tercera División.
En esta última fase acaba 3º por detrás del Santiago C.F. y el Racing Tuy y consigue el retorno a la Tercera División Nacional.
Media esta temporada cuelga las botas Víctor Sobral ‘Cholo’ que ha dia de hoy sigue siendo el máximo goleador de la historia del Marín Club de Fútbol con 105 goles marcados en los 122 partidos oficiales defendiendo los colores del club durante 5 temporadas.
‘Cholo’ es uno de los jugadores históricos del Marín Club de Fútbol no sólo por ser su máximo goleador, sino también porque fue uno de los primeros en superar los 100 partidos oficiales defendiendo la camiseta del club y por haber conquistado cuatro títulos gallegos y el Subcampeonato de España de Aficionados.
El equipo Juvenil del Marín Club de Fútbol se proclama Campeón de Liga del Grupo Rías Bajas de la categoría. De regreso a la Tercera División Nacional el Marín Club de Fútbol queda enrolado en el Grupo I compuesto en exclusiva por equipos gallegos. Queda penúltimo y vuelve a descender a Serie A Regional.
En la temporada 1957-1958 el Marín Club de Fútbol tiene una discreta participación en el Grupo Sur de la Serie A Regional ya que acaba la competición en la 8ª plaza de la clasificación. En el Campeonato Gallego de Aficionados no pasa de la primera eliminatoria en la que es eliminado por el Alondras C.F.
La temporada 1958-1959 es la más nefasta de la historia del club hasta ese momento. En una Serie A Regional disputada en un solo grupo queda último clasificado y se salva del descenso por un aumento de número de equipos para la temporada siguiente.
En el Campeonato Gallego de Aficionados vuelve a ser eliminado en la primera ronda.
La temporada 1959-60 es la revitalización del club. Se ficha a Carlos María Chagas, un exinternacional uruguayo, Campeón del Mundo en Brasil, protagonista del famoso ‘maracanazo’ como entrenador, después de volver a caer en la primera ronda del Campeonato Gallego de Aficionados.
Con Chagas en el banquillo realiza un magnifico campeonato de liga y se proclama Campeón Gallego de la Serie A Regional por tercera vez en su historia consiguiendo el ascenso directo a Tercera División Nacional.
Formación que presentó el Marín Club de Fútbol el 12 de junio de 1960 ante el C.D. San Lorenzo en el Estadio Municipal de San Pedro para proclamarse Campeón Gallego de la Serie A Regional por tercera vez en su historia.
Ellos son: Gago, Carlos Chagas (Entrenador), Checho, Alarcón, Chuco, Nené, Mayán y Pichel; Tucho Martínez, Tino Parada, Fito, Careto, Bea y Córdoba.
En esta temporada 1961-1962 el Marín Club de Fútbol acaba la competición en la 14º plaza del Grupo I de la Tercera División Nacional.
En la temporada 1962-1963 el equipo acaba en la 12º plaza de la clasificación del Grupo I de Tercera División Nacional pero sumido en una profunda crisis económica.
Vuelve a participar en la Copa Galicia pero no pasa de la primera ronda.
Con el club sumido en una profunda crisis que se quiso solventar convirtiéndolo en Sociedad Anónima Deportiva, idea que finalmente no cuajó, el Marín Club de Fútbol salió a competir en la Tercera División Nacional de la temporada 1963-1964 y el resultado no fue otro que el que se podía esperar. Último clasificado y descenso a Serie A Regional.
En la temporada 1964-1965, de regreso a la Serie A Regional acaba la competición en 7º posición. Mientras que en el Campeonato Gallego de Aficionados sólo logra superar una eliminatoria, siendo eliminado en octavos de final por el Bueu S.D.
En la temporada 1965-1966 es el 10º clasificado de la Serie A Regional y en la Copa Galicia cae en la primera ronda ante el Bueu S.D.
En la temporada 1966-1967 acaba como 6º clasificado de la Serie A Regional. Y en la Copa Galicia cae eliminado por el Alondras C.F. en la primera ronda.
En la temporada 1967-1968 acaba como 9º clasificado de la Serie A Regional. En eL campeonato Gallego de Aficionados cae eliminado por el Portonovo S.D. y en la Copa Galicia por el Alondras C.F., en ambos casos en la primera ronda de la competición.
Definitivamente, en esta temporada, cuelga las botas José Luis do Pazo ‘Nené’ el jugador más importante en la historia del club. No sólo fue una de las personas que más activamente participó el la fundación de club, si no que es, aún, a dia de hoy el jugador que en más partidos oficiales defendió su camiseta, 322 en 16 temporadas en su plantilla, el jugador que más títulos ganó para el club; sino que fue entrenador de emergencia en numerosas ocasiones y miembro de sus juntas directivas en varias temporadas.
José Luis do Pazo ‘Nené’ fue el jugador que más temporadas perteneció en la primera plantilla del Marín, el que más partidos oficiales disputó, el que más títulos conquistó, su segundo máximo goleador y el único al que le fue impuesta la Insignia de Oro y Brillantes del Marín Club de Fútbol